Уже через несколько лет, в 1558 году, монастырь сгорел, за исключением одной кельи. В 1570 году, во время похода Ивана Грозного на Новгород, монастырь был разграблен, а Федора Сыркова казнили опричники. Во времена Русско-шведской войны (1610–1617) обитель разорили шведы.