Монастырь был основан в конце XII века Алексой Михалевичем — представителем боярского рода, принявшим монашеский постриг еще в юношестве и получившим иноческое имя Варлаам. В 1192 году Варлаам, который впоследствии станет одним из самых почитаемых новгородских святых и чудотворцев, строит в уединенной местности Хутынь под Новгородом каменный Спасо-Преображенский храм. При Варлааме Хутынском у обители появляются и первые земельные владения: село Слудицы с церковью Святого Георгия, остров на Малом Волховце, «ловища рыбные» на противоположном берегу Волхова и охотничьи угодья. Об этом нам известно благодаря сохранившейся пергаменной вкладной грамоте — древнейшему такому новгородскому документу.

Насельниками монастыря были многие видные новгородские деятели, в частности два архиепископа: Симеон и Евфимий II, по инициативе которого было построено множество прекрасных зданий в Новгороде, включая Грановитую палату и Евфимьеву часозвоню.

К концу XV века земельные владения монастыря настолько разрослись, что он превратился в одну из самых богатых обителей Северо-Западной Руси. Экономическое процветание способствовало активной застройке территории монастыря в XVI веке, после присоединения Новгорода к Московскому государству. Московский великий князь Василий III (1479–1533) особенно почитал Хутынский монастырь: принимая перед смертью монашеский постриг, он даже имя взял себе — Варлаам, в память о Варлааме Хутынском. При Василии III взамен обветшавшего храма был возведен новый Спасо-Преображенский собор. Этот храм стал первым пятиглавым собором в Новгороде и имел московский облик: очевидным образцом для него послужил Успенский собор в московском Кремле, незадолго до того возведенный Аристотелем Фиораванти.

В 1536 году, при Иване Грозном (1530–1584), к югу от Преображенского собора тверские мастера построили еще один храм, не похожий ни на одно сооружение, возведенное в Новгороде ранее. Церковь-колокольня святого Григория Армянского, получившая название «Хутынского столпа», до нашего времени, к сожалению, не сохранилась. При Грозном же, в 1550–1552 году на территории монастыря был построен еще один храм — церковь преподобного Варлаама Хутынского, которая стала самой большой новгородской церковью с трапезной. В 1768–1774 годах архитектурный ансамбль монастыря дополнит новая колокольня в стиле барокко, возведенная над южными вратами.

В конце XVIII — начале XIX века монастырь был центром не только духовной, но и культурной жизни Северо-Запада России. С 1775 года архиепископом Новгородским считался Санкт-Петербургский митрополит, а фактически епархией управляли викарные епископы — настоятели Хутынского монастыря. В их числе были крупнейшие религиозные просветители своего времени, такие как Тихон Задонский (викарий Новгородской епархии в 1761–1763 годах), епископы Евгений (в 1804–1808) и Амвросий (в 1816–1819). Все они занимались не только церковной, но и научной деятельностью. Епископ Евгений, в миру Евфимий Болховитинов, поддерживал теплые дружеские отношения с поэтом Гавриилом Державиным (1743–1816), чья усадьба Званка находилась неподалеку. Именно настоятелю Хутынского монастыря Державин адресовал свое стихотворение «Евгению» с описанием жизни в усадьбе. Поэт был похоронен в северном приделе Спасо-Преображенского собора в 1816 году; позже по просьбе его вдовы придел был переосвящен во имя святого покровителя поэта — архангела Гавриила.