Один из самых влиятельных новгородских монастырей был основан в 1411 году при новгородском архиепископе Иоанне II (1389–1415). Тогда, согласно поздней монастырской хронике, трое монахов — Евфросин, Игнатий и Галактион — построили близ реки Веряжи деревянную церковь во имя святителя Николая Чудотворца. Место, в котором она была возведена, называлось Вяжищи. По народному преданию, название это связано с заболоченностью местности, вязкостью почвы, но, по мнению филологов, оно, скорее всего, происходит от слова «вяжа» («вяжище») — так на северо-западе Руси называли бобровые хатки.
В первой половине XV века Вяжищский монастырь быстро развивается благодаря деятельности новгородского архиепископа Евфимия II (1429–1458), с именем которого связано много построек в Великом Новгороде. В частности, по его инициативе появилась Грановитая палата в новгородском Кремле и знаменитая Евфимьева часозвоня. Владыка был постриженником этой обители и весьма способствовал ее благоустройству: он возвел тут каменную Никольскую церковь и построил каменную трапезную. Здесь же он и упокоился после своей кончины. В могилу этого могущественнейшего деятеля Новгородской республики были положены его вериги — цепи, носившиеся монахами постоянно и тайно для смирения плоти.