С 1377 года в Плотницком конце новгородской Торговой стороны стоял каменный одноглавый храм, посвященный памяти святых князей, братьев Бориса и Глеба. Как и многие церкви в Новгороде, он неоднократно горел, пока не пришел окончательно в ветхость и не был разобран в 1521 году. В 1536 году на его месте поставили новую церковь Бориса и Глеба, которая возводилась силами жителей Запольской и Конюховой улиц при участии новгородских и московских «гостей». В строительстве, длившемся пять месяцев, участвовали 30 человек, в том числе два десятка новгородских «больших мастеров», каждый из которых получил по 53 рубля.
Здание строилось на фундаменте старого разобранного храма, что и предопределило архаизм плана новой постройки. Архитектурный облик церкви, четырехстолпной и одноапсидной, близок к традиционным новгородским храмам XIV–XV веков. Однако, в отличие от старых новгородских церквей, Борисоглебский храм имеет не одну, а пять глав. Новые архитектурные веяния проявились также и в завершении фасада декоративными килевидными арками, а также в многократно повторенном поясе из пятиугольных ниш на барабанах и на апсиде храма. Стены церкви украшены вкладными крестами, некоторые из них перенесены из древнего храма.
