В 1699 году в приделах и главном алтаре были установлены иконостасы. Их рамы были выполнены в технике сквозной резьбы. Летопись сохранила имена двух резчиков, которые принимали участие в этой тонкой работе, — Василий Кобылинский и Иван Тимофеев. В 1702 году, при митрополите Иове, стены храма были расписаны. Для этого была нанята артель иконописцев из Костромы во главе с Иваном Бахматовым: в среде новгородских живописцев того времени было очень много старообрядцев, для росписи собора приходилось приглашать мастеров со стороны. Среди фресок особенно выделяются сцены Страшного суда на западной стене — интересно, что одна из фигур грешников, отправляющихся в ад, очень напоминает Петра I.