В 1652 году, после смерти патриарха Иосифа, царь Алексей Михайлович дает Никону важнейшее поручение: он отправляет его на Соловки за прахом священномученика Филиппа и велит зачитать прямо над ракой с мощами покаянное письмо с просьбой простить «согрешение прадеда нашего царя и великого князя Иоанна, совершенное против тебя нерассудно, завистью и неудержанием ярости». В ходе этой миссии, после которой Никон и станет следующим патриархом, ему было видение: Филипп дал благословение на постройку обители на одном из островов Валдайского озера. Никон задумывал святыню не менее величественную, чем духовный центр в греческом Афоне, чтобы она притягивала паломников со всего христианского мира. Царь инициативу поддержал, выделил средства из казны. В 1653 году на «не особенно большой, но очень красивый, окруженный рыбными ловлями» остров была направлена артель строителей.

В тот год были возведены храм во имя святого Филиппа Московского и соборная церковь в честь Иверской иконы. На следующий год обители передали множество селений и монастырей, в том числе дворцовое село Валдай с озером были приписаны «вовек неподвижно». В 1657 году был закончен храм в честь Успения Пресвятой Богородицы, куда из Афона и прибыл список Иверской Богоматери. Шестистолпный пятиглавый храм внешне напоминает соборы Московского Кремля. Фасад скупо декорирован; крыша изначальна была плоской, после реконструкции в 1960-х получила палаточную кровлю с щипцами над закомарами.