Как и многие монастыри и храмы Северо-Запада, в 1611–1617 годах обитель была разорена шведами, исчез архив. Но усилиями старицы Акилины и сестер монастырь был восстановлен. В 1718 году деревянные здания обители выгорели, в тот же год туда была сослана последняя русская царица — Евдокия Лопухина, первая супруга Петра I. Возможно, в 1754 году обитель стала прибежищем первой жены Абрама Ганнибала — Евдокии (хотя и сам Пушкин, и вслед за ним большинство исследователей полагают, что Евдокия Ганнибал была заключена в Тихвинском Введенском монастыре). Вообще же в XVIII веке монастырь был местом ссылки нарушивших обряд причастия, что очень отягощало обитель — настоятельницы неоднократно обращались к властям с просьбой освободить их от отбывающих покаяние.

В 1820-х годах с возведения Западных Святых врат началось обновление обители. Деревянные стены поменяли на каменные, с башенками. Позже, в 1862 году, построили Крестовоздвиженскую церковь (архитектор А. М. Горностаев), Больничный корпус (А. М. Горностаев и К. И. Брандт) и другие здания.