Храм неоднократно подновлялся и перестраивался. Крайняя необходимость ремонта возникла после Смутного времени, когда церковь была разграблена и сожжена: «немецкие люди голову у того храма поломали: искали покладежов...», то есть клады. Царь Фёдор Алексеевич в 1680 году отписал «в Георгиевский монастырь из государевой казны денежное и хлебное жалованье». Затеянный братией в 1683–1684 годах ремонт оказался губительным для фресок: в ходе перестройки здания они были сбиты со стен и пущены на подушку под новый настил пола. Некоторые уцелевшие фрагменты скрывались под слоем краски до 1780 года. Еще одна реставрация, начавшаяся в 1847 году, была, к счастью, скудно профинансирована, иначе фрески XII века не дошли бы до нас вовсе. Еще некоторые фрагменты извлекли из-под вскрытого пола и восстановили уже в ХХ веке.
