Новая история монастыря начинается в 1992 году, когда территория была возвращена церкви. К тому моменту из строений архиерейского дома сохранилась лишь Троицкая церковь 1840-х годов, часть апсид тоновского Троицкого собора и фрагменты ограды. Активные восстановительные работы начались в XXI веке: по проекту Михаила Скоробогатова в 2000-е годы воссоздали Успенский собор, поновили фасады и кровлю Троицкой церкви, восстановили каменную ограду, возвели ряд новых построек, в том числе пятиглавый Казанский собор (2008).