В петровское царствование обитель приходит в упадок, приписывается к другим монастырям (в 1712 году — к Чудовому, в 1721–1727 годах — к Златоустовскому), сокращаются доходы. В 1730-х годах пустынь переживает кратковременный взлет: в это время были построены колокольня с храмом в нижнем ярусе и Успенская церковь. Но екатерининская эпоха принесла с собой секуляризационную реформу и потерю земельных угодий. Монастырь был отнесен к «заштатным», то есть не получающим государственных дотаций. При этом в 1767 году пустыни была дарована часовня Спаса Всемилостивого близ Москворецкого моста в Москве.