Сильно пострадал монастырь во время политических катаклизмов XVI–XVII веков. В 1570 году, при опричном погроме Новгорода, организованном Иваном Грозным, были убиты все монахи во главе с настоятелем. Во время шведской оккупации Новгорода (1611–1617) монастырь был опустошен, от обители остались только две разграбленные церкви. В XVII–XVIII веках храмы перестраивались, и оригинальные здания сохранились лишь частично.