В середине XIX века монастырь был обнесен каменной оградой с пятью башнями, на пожертвования были выстроены двухэтажные корпуса, хозяйственные постройки, колокольня над воротами. В 1851 году рядом с церковью Покрова Богородицы был похоронен государственный деятель, отец троих декабристов
Иван Матвеевич Муравьёв-Апостол. В 1899–1901 годах на территории монастыря был воздвигнут пятиглавый собор в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Святыня собора — рака с мощами Преподобного Саввы Вишерского, основавшего близ Новгорода, на реке Вишере, Савво-Вишерский монастырь.