Церковь средних размеров, кубическая, с тремя полукруглыми апсидами, на четырех подкупольных столпах, но для наблюдателя изнутри это неочевидно, потому что восточные опоры купола соединены с боковыми стенами. Снаружи фасады имеют трехчастное деление и позакомарное покрытие. К сожалению, мы не знаем, как выглядело оригинальное завершение здания: в XVI веке и в 1682–1684 годах обрушившиеся купол и своды были заменены новыми, с типичными щипцовыми (двускатными) завершениями. К XVII веку относятся и фигурные наличники расширенных окон.

Через десять лет после постройки, в 1189 году, храм был полностью расписан. Программа росписей, следуя традиции, начатой фресками Мирожского монастыря во Пскове и Георгиевской церкви в Старой Ладоге, сочетает в себе детальный пересказ сюжетов Писания, житий святых и обилие богословски насыщенных образов. Сейчас фрески сохранились, к сожалению, только на боковых стенах (Рождество на южной и Успение на северной) и в алтаре — остальные росписи погибли при перестройке храма в XVII веке. В центральной апсиде помещена Служба святителей. Этот сюжет обычно предполагает изображение Христа в образе Младенца, Спаса Эммануила, приносящего Жертву во спасение мира. Здесь же Христос представлен на престоле, в миндалевидном ореоле (мандорле) и с Тетраморфом (объединенные образы Льва, Быка, Орла и Человека — символов четырех евангелистов). Он предстает в этой росписи не младенцем, как можно было бы ожидать в этом сюжете, а юношей — как в раннехристианских памятниках, и при этом образ напоминает о Богоявлении как реализации видений древних пророков. Эта уникальная иконография связывает роспись Аркажей не только с раннехристианской традицией, но и с актуальной богословской полемикой в Византии второй половины XII века.