Уникальная по сохранности (лишь немного поновленная в конце XIX века) роспись основного объема храма напрямую связана с тематикой споров о Христе, которые сотрясали Константинополь в середине XII века и о которых, очевидно, был хорошо осведомлен Нифонт, сам, возможно, происходивший из Византии. Роспись эта построена вокруг так называемой христологической оси, демонстрирующей различные аспекты божества и человечества Иисуса Христа. В куполе, вместо обычного для того времени Вседержителя, мы видим более архаичную композицию Вознесения, прямо отсылающую к древней идее купола как образа неба. Притом композиция эта здесь имеет не исторический, а символический характер: в рядах фигур апостолы и Богородица перемежаются с ангелами и Иоанном Предтечей. Над восточной и западной подпружными арками, друг напротив друга, помещены нерукотворные образы Христа: Спас на убрусе (плате) и Спас на чрепии (черепице), — именно на таких местах эти величайшие реликвии размещались в Фаросском храме Большого императорского дворца в Константинополе. В самой восточной арке изображен Христос-Эммануил в виде отрока, а за ним, на своде восточного рукава, — Преображение с Христом во славе — этому празднику и был посвящен храм. Ниже, в конхе апсиды представлен Деисус: Богородица и Иоанн Предтеча перед Христом на троне, причем над головой Спасителя помещено еще и изображение Престола уготованного — символа ожидания второго пришествия Христа. Наконец, еще ниже, над престолом храма, изображено Причащение апостолов.