В 1363 году свод Всеволодова храма рухнул — «оупаде верх Святые Троица», и на старом фундаменте в 1365 году был заложен новый собор, на строительство которого ушло три года. В
республиканские времена собор для псковичей был олицетворением и города, и Псковской земли — «Земли Святые Троица», и своей независимости. В нем город сажал на правление приглашенных князей, у стен его собиралось вече. Крушение этого статуса произошло в 1510 году, когда псковские земли вошли в состав единого Русского государства. А в 1609 году погиб в пожаре и собор. Подправленный храм простоял до 1680-х годов, но был разобран, и на его месте в 1691–1700 годах возвели новый.