В 1611 году, во время шведской интервенции, в Никольский монастырь были перенесены святыни разоренного Валаамского монастыря, в том числе мощи основателей обители, святых Сергия и Германа. Однако позже разорению подверглась и Никольская обитель. По завершении Смуты монастырь отстроили в камне. В 1628 году здесь уже стояли две каменные церкви — Святого Иоанна Златоуста и Святого Николая (постройку нижнего яруса этой церкви специалисты относят ко второй половине XII — первой половине XIII веков). В конце XVII века построили восьмигранную колокольню и новые Святые врата. В 1695 году в обитель из Зеленецкого монастыря перенесли церковь Тихвинской Божией Матери.

В XVIII веке монастырь клонился к упадку, и в 1771 году его упразднили. Однако жители Ладоги отстояли свою обитель и в 1811 году добились возобновления богослужения, хотя монастырь так и остался заштатным, то есть лишенным государственных субсидий и вынужденным существовать лишь на пожертвования.

В школе при Никольском монастыре учился будущий художник-передвижник Василий Максимов. Отсюда молодой послушник сбежал в Петербург, где поступил в Императорскую Академию художеств.